政院直接对内阁负责，不设院长，仅仅设立一个行政院办公司。

原来六部的一些职能基本上都被拆分了，像原先的吏部通常会负责下设文选、验封、稽勋、考功四司，而如今变成了内务部和组织部，而原先像户部是负责管理土田、户口及国家财政的机构，下设十三司，如今被划分为财政部、农业部、工商部，以此类推，因此整个架构是发生了很大的变化。

与此同时，原先明制的都察院是被保留了下来，将原先复汉军的监察院改为了都察院，设左右都御史、左右副都御史、左右佥都御史，以及按行省划分的十三道监察御史，在品级方面进行了调整，御史的品级将会进行上调，负责监察中央各官署，纠举百司之官中的弊政，以及各地的提学、巡盐、茶马、巡漕、监军、屯田，仅对内阁负责，不对行政院汇报。

这也是宁渝为了强化监督的意义，他打算执行监督权力的都察院与负责行政的行政院彻底区分开来，将来都察院内部的人员升迁也将会在都察院内部进行，以保证其组织架构尽量不会为外人所影响。

至于原来的那些府、院、寺、司等机构，将会逐一化入各部之中，比如与礼部相关的机构有宗人府、太常寺、光禄寺、鸿胪寺、行人司、国子监、钦天监、太医院、教坊司、僧录司、道录司等，其中像宗人府、太常寺和光禄寺归为内务部，而鸿胪寺、四夷馆以及行人司归为外交部，国子监和钦天监归为教育部，太医院则是归为卫生部。

至于教坊司则是被宁渝彻底给废止了，重新规划出来的礼仪司归于内务部，还有像僧录司和道录司归为宗教部，因此这些部门将会彻底实行各部管理。除了行政与监督之外，宁渝将司法部门也单独列了出来，也就是大理寺来负责复审与平反刑狱。

在这些以外，更为要紧的是与兵部相关的机构，彻底被划分到了枢密院，其中分设总参谋部、总后勤部、总装备部和军科部，负责全军指挥。当然对于这么一个要紧的部门，自然也就是权衡的，那就是由五军都督府来负责掌管军队，平时没有调兵权力，必须有皇帝的兵符和总参部的命令，才能进行调动。

在制定完成这些制度后，最关键的便是内阁制的最终确认，当然并非是将内阁的权力扩大化，而是在某种程度上缩小了许多，也就是宁渝弄出来的联席部长会议，当然过去的时候也有六部官员参与，但是眼下各部数量增多，再加上都察院与大理寺的地位拔高后，因此将会显得更加独立。

宁渝明文规定，行政院、都察院、大理寺和枢密院属于平级，内阁局中协调，但是不得强令所属部门做事情，一应计划与决定应该直接由各部尚书直接决定，并报给内阁进行审批。如果审批不通过则重新调整方案，连续两次审批不通过可直接呈递皇帝审批。

从这一点上，宁渝是坚决反对行外人去指导行内人的，虽然说那些阁老们在人心揣度上十分出色，可是在比较专业的东西上，就有些外行指导内行了，因此只给审批权，但是不给直接决定权。

至于地方上的行政机构，宁渝并没有照搬明清制度，而是将其彻底进行了改变，因此所谓的巡抚早就失去了原本的意义，而是重新恢复了布政使司一职位，主管一省民政与财政大权。至于原先的按察司则是直接隶属于大理寺监管，仅仅主管一省司法之权，至于监督一则由都察院御史来负责。

至于地方上的军方事物，则是设立了总兵官，受到与五军都督府和枢密院双重领导，其中日常的一应训练和兵源都是由五军都督府辖制，而枢密院则是负责战时指挥和战略调动等，以便于对地方军队能够更好的管理。

当然对于该省内的日常军务，则由该省总兵官连同省枢密院会同解决，省枢密院将会定期赴中央枢密院进行汇报与人员轮换，基本上可以说是将地方的兵力给彻底收到了中央的手里